Para crear un bonsái a partir de una semilla, se ha de comenzar por elegir la especie que se desea cultivar y por plantar ésta en una maceta. Cuando la planta comience a crecer se inicia su formación de acuerdo con el estilo que se quiera conseguir.

Hay determinadas especies que resulta más adecuado propagar mediante este sistema para garantizar su supervivencia. Éste es el caso de pinos, abetos o robles.